Generalmente no hay una causa clara. Normalmente uno de los ojos suele tener visión mucho reducida desde el nacimiento debido como comentabamos antes a una anisometropía.Puede también existir lesiones anatómicas en los nervios(parálisis)o en los músculos (hiper/hipotrofias). También, cualquier tipo de de enfermedad que ocasione una disminución de visión en alguno de los ojos puede provocar estrabismo.

El estrabismo tiene una frecuencia entre el 3-5% de los nacimientos ( ambos sexos se afectan igualmente) y suele existir alguna historia familiar